Ogłoszony w 2004 roku przez Ministerstwo Kultury Narodowego Programu Kultury Znaki Czasu miał wspierać tworzenie we wszystkich regionach kraju Towarzystw Zachęty Sztuk Pięknych, które z kolei zajęłyby się zbudowaniem nowych zbiorów współczesnej sztuki. Autorem idei był ówczesny minister, Waldemar Dąbrowski.
Kolekcja Łódzkiego Towarzystwa Zachęty Sztuk Pięknych została zgromadzona w ramach tegoż programu, finansowanego z dotacji MKiDN oraz sponsorów. Od początku była budowana z myślą o wpisaniu jej w kontekst kolekcji Muzeum Sztuki w Łodzi. Stąd ważny w niej wątek dyskursu z tradycją i historią zarówno kolekcji, jak i muzeum jako instytucji tę kolekcję przechowującej. Drugą grupę dzieł stanowią prace tematycznie związane ze współczesnością i aktualnymi pytaniami stawianymi przez sztukę, dotyczącymi cielesności, seksualności, a także społecznych i politycznych uwarunkowań naszych czasów.
Już w pierwszej edycji programu (2005-2006) zakupionych zostało 47 prac, w tym silnie związane z Łodzią (Artur Chrzanowski, Światło ze wschodu; Elżbieta Jabłońska, cykl Naruszenie), prowadzące dialog z dziedzictwem awangardy (Cezary Bodzianowski, Unik; Józef Robakowski, Attention: Light), z muzeum jako instytucją (Azorro, Wszystko już było) oraz z kolekcją Muzeum Sztuki w Łodzi (Łódź Kaliska, Śniadanie w muzeum). Te ścisłe związki z Muzeum stanowią o wyjątkowości zbioru Łódzkiego Towarzystwa Zachęty Sztuk Pięknych – jako jedyna w Polsce doskonale wpisuje się w istniejące już zbiory sztuki współczesnej, uzupełniając je o nowe wątki.
Od tamtego czasu kolekcja Zachęty znacznie się powiększyła, wszystkie zgromadzone dzieła stanowią depozyt w Muzeum Sztuki w Łodzi. W 2008 roku Towarzystwo podpisało z Muzeum Sztuki w Łodzi umowę o współpracy, przenosząc jednocześnie do gmachu Muzeum swoją siedzibę. W związku z zakończeniem programu, zaplanowanego na lata 2004–2013, Łódzkie Towarzystwo Zachęty Sztuk Pięknych zakończyło swoją działalność w zakresie budowania kolekcji, przekazując zebrane prace w darze Muzeum Sztuki.
Obecnie zbiory liczą prawie siedemdziesiąt pozycji. Artyści, których prace zostały wybrane do kolekcji, to: grupa Azorro, Krzysztof Bednarski, Cezary Bodzianowski, Bogna Burska, Agnieszka Chojnacka, Artur Chrzanowski, Tomasz Ciecierski, Stanisław Dróżdż, Elżbieta Jabłońska, Zuzanna Janin, Igor Krenz, Zofia Kulik, Robert Kuśmirowski, Konrad Kuzyszyn, Przemysław Kwiek, Natalia Lach-Lachowicz, Wojciech Leder, Dominik Lejman, Zbigniew Libera, grupa Łódź Kaliska, Katarzyna Kozyra, Robert Maciejuk, Magdalena Moskwa, Jacek Niegoda, Anna Orlikowska, Leszek Paul, Wiktor Polak, Karol Radziszewski, Joanna Rajkowska, Józef Robakowski, Jadwiga Sawicka, grupa Sędzia Główny, Janek Simon, Paweł Susid, Grzegorz Sztwiertnia, grupa Twożywo, Ryszard Waśko, Ewa Zarzycka, Alicja Żebrowska.
Wiele z nich jest eksponowanych w galerii stałej Muzeum, gdzie doskonale wpisują się w rytm opowieści o sztuce, zaproponowany przez kuratorów galerii, wśród nich choćby Hermafrodyta Zbigniewa Libery, czy Kontestator, film artysty młodego pokolenia, Jacka Niegody.
W latach 2013-2014 w Muzeum odbyła się wystawa Na Zachętę do Muzeum, która prezentowała kolekcję zebraną przez Łódzkie Towarzystwo Zachęty Sztuk Pięknych.
